Comunidades bioinformáticas sin fronteras

Evelia Lorena Coss-Navarrete, Erika Viridiana Cruz Bonilla y Nelly Sélem Mojica

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La bioinformática es indispensable para el análisis de la gran cantidad de datos que se generan en estudios sobre el ADN, la actividad de los genes y de las proteínas. Por ejemplo, se usa para entender cómo funcionan nuestras células a partir del estudio de su material genético o para investigar los microorganismos que viven en nuestro cuerpo (Figura 1). Existen muchas comunidades donde los bioinformáticos aprenden y trabajan en equipo compartiendo sus códigos. Por ejemplo, en el contexto del COVID-19, comunidades bioinformáticas como Nextstrain y GISAID facilitaron la vigilancia epidemiológica en tiempo real, permitiendo rastrear la evolución del SARS-CoV-2.

Los programas académicos de licenciatura y posgrado en ciencias biológicas no siempre contemplan la formación en esta área. Analizar grandes volúmenes de datos genómicos y biológicos requiere infraestructura computacional potente, que no siempre está disponible en las instituciones educativas. Existen varias iniciativas en México para que estudiantes y minorías subrepresentadas por motivos raciales, étnicos, de clase, religiosos, lingüísticos o de género y sexuales, puedan aprender informática de manera gratuita. Cada iniciativa ofrece distintos contenidos, desde discusión de artículos, lecciones de autoaprendizaje, concursos, vídeos, minicursos mensuales, o reuniones semanales de práctica. Contar con recursos computacionales, físicos o en la nube, permite que más estudiantes y científicos en formación desarrollen habilidades en bioinformática y participen en proyectos de investigación. Por ello el acceso a financiamiento y servidores de alto rendimiento es clave para fortalecer las comunidades bioinformáticas. Afortunadamente, diversas organizaciones ofrecen apoyo en este sentido, por ejemplo, el proyecto Catalyst de la iniciativa Chan-Zuckerberg, Huawei Innovación y Amazon Web Services (AWS).

Bioinformática: fusionando ciencia y tecnología para descifrar datos biológicos

La bioinformática es una disciplina que combina biología, computación y matemáticas para analizar, por ejemplo, secuencias genómicas o estructuras de proteínas [1]. En el contexto actual es crucial entender fenómenos biológicos complejos, desarrollar tratamientos médicos personalizados y avanzar en la investigación sobre enfermedades. Los estudios de secuenciación genómica o análisis de proteínas generan una enorme cantidad de datos, que es necesario analizar con diversas herramientas computacionales para su interpretación. Sin embargo, no siempre los programas académicos tradicionales de biología en universidades y posgrados incluyen suficiente formación formal en esta área (Figura 2).

Cerrando brechas: educación inclusiva en bioinformática para México

Ante este panorama, diversas comunidades en México enfocadas especialmente en estudiantes y comunidades subrepresentadas han surgido para ofrecer capacitación gratuita en bioinformática. Estas iniciativas buscan generar el acceso libre al conocimiento y mejorar las habilidades de programación en el ámbito científico y profesional. Cada comunidad ofrece contenidos diversos que se adaptan a las necesidades y niveles de los participantes. En este sentido, entre las comunidades públicas de México que impulsan la enseñanza y difusión de la Biología Computacional se encuentran: Regional Student Group - México (RSG-México), The Carpentries, ISCB Wikipedia, R-Ladies, los VieRnes de Bioinformática en el LIIGH-UNAM y el Museo Virtual de Matemáticas (Figura 3). A continuación, describiremos la forma de trabajo de una selección de comunidades, sin pretender que esta lista sea exhaustiva, sino abarcando iniciativas que se enfocan en objetivos diversos.

a) RSG-México. El Regional Student Group México (RSG-México) es una comunidad estudiantil afiliada a la International Society for Computational Biology (ISCB), con presencia en varios países alrededor del mundo. Promueve la biología computacional entre estudiantes y jóvenes investigadores en México organizando “hackatones”, una red de apoyo y seminarios mensuales de lectura de artículos invitando a los autores a comentar su trabajo.

b) The Carpentries. Es una organización internacional sin fines de lucro que introduce buenas prácticas en programación y manejo de datos para investigadores, estudiantes y comunidades académicas. Su misión es brindar capacitación accesible basada en lecciones de alta calidad didáctica, impartidas en talleres de dos días intensivos. Sus contenidos comprenden lenguajes de programación, R y Python, uso de la terminal de linux, y manejo de versiones con Git, una herramienta que permite gestionar y hacer seguimiento de los cambios en archivos o código, facilitando la colaboración entre equipos. Además, Carpentries cuenta con lecciones temáticas con datos reales y un flujo de trabajo de principio a fin de genómica, metagenómica, ecología, entre otros. En México existen varios instructores certificados que suelen organizar talleres.

c) ISCB Wikipedia - más allá del inglés. Es una iniciativa de la ISCB que busca mejorar la calidad y cantidad de información disponible en Wikipedia relacionada con la biología computacional, fomentando la difusión en múltiples lenguajes. El proyecto tiene como objetivo hacer que el conocimiento sobre estas áreas sea accesible y preciso para una audiencia global. Al participar editando un artículo, los participantes mejoran su escritura de textos científicos, entienden las licencias de uso y practican la capacidad de sostener sus ideas con base a referencias de investigación frente a la comunidad editora de Wikipedia. Se organiza un concurso anual de edición de artículos, el de 2024-2025 continúa abierto hasta mayo 2025 en la página: https://en.wikipedia.org/wiki/Wikipedia:WikiProjectMolecularBiology/ComputationalBiology/14thISCBWikipediacompetition_entries.

d) R-Ladies Morelia. Es parte de la comunidad R-Ladies Global, que se dedica a promover la participación de mujeres y personas de géneros subrepresentados en el uso del lenguaje de programación R y en las áreas de ciencia de datos y programación estadística. Cada ciudad puede tener su propio capítulo, en nuestro país existen capítulos de varias ciudades, y anualmente se organiza una reunión nacional. En R-ladies Morelia las actividades están dirigidas a crear un ambiente inclusivo y de apoyo para el aprendizaje y la colaboración, fomentando redes profesionales y oportunidades de liderazgo entre las mujeres. R-Ladies Morelia organiza una reunión mensual con un mini curso impartido por equipos de participantes. Contacto: https://www.meetup.com/es-ES/rladies-morelia. Otro grupo muy activo en el país, con cursos y reuniones mensuales es R-Ladies Cuernavaca: https://www.youtube.com/channel/UCFT7Tgi7UAzR-eyzjoxBzxA

e) VieRnes de Bioinformática LIIGH-UNAM. El Laboratorio Internacional de Investigación sobre el Genoma Humano (LIIGH) de la UNAM lanzó su iniciativa VieRnes de Bioinformática en el LIIGH-UNAM en septiembre del 2023 bajo la organización de la Dra. Evelia Coss. En 2024, se unió como coordinador el Dr. Israel Aguilar. Este proyecto ofrece prácticas semanales buscando acceso libre y gratuito al conocimiento y desarrollo de habilidades en bioinformática. Está abierto a toda la comunidad, desde estudiantes hasta profesionales, con o sin experiencia previa. Ha alcanzado un impacto internacional con participantes de países como Argentina, Bolivia, Chile, Colombia, Costa Rica, El Salvador, Ecuador, Perú, Venezuela, Guatemala, España y Estados Unidos. Contacto: https://viernesbioinformatica.github.io/

f) El MUMAT (https://mumat.matcuer.unam.mx/) El Museo Virtual de Matemáticas permite descubrir la belleza de las matemáticas. Conecta con la Biología computacional porque tiene varias aplicaciones biomatemáticas, incluyendo las venaciones de las hojas, la forma de los caracoles, la evolución del COVID, el juego de la vida y la diversidad microbiana (Figura 4).

Las oportunidades para aprender son amplias y variadas, desde la discusión de artículos científicos, pasando por lecciones de video en vivo y grabadas, hasta minicursos mensuales (Figura 5). Además, hay reuniones semanales de práctica, concursos y recursos educativos para aquellos interesados en profundizar en el tema, fomentando la colaboración, las redes estudiantiles y el aprendizaje en la comunidad científica.

Muchas de estas comunidades tienen algún apoyo de instancias internacionales para organizar eventos de divulgación o para actividades de investigación. Por ejemplo, cuando un estudiante tiene ya un proyecto de investigación es difícil que pueda realizarlo en una computadora personal. Muchos de estos proyectos requieren de grandes servidores (servidores de alta capacidad que proporcionan potencia de procesamiento y almacenamiento suficiente para manejar grandes volúmenes de datos, como los que se generan en las investigaciones científicas). Varias empresas como Amazon y Huawei y organizaciones benéficas como la Fundación Chan- Zuckenberg a través del programa Catalyst (Figura 6) tienen convenios con instituciones educativas para facilitar el acceso a esta infraestructura en la nube.

Impulsando la bioinformática en México: educación accesible para el futuro científico

La iniciativa de comunidades en bioinformática en México para ofrecer educación gratuita y accesible en bioinformática representa un avance crucial en el desarrollo científico de América Latina. Aunque la bioinformática es cada vez más importante para el análisis de grandes volúmenes de datos en biología y medicina, los programas educativos en ciencias biológicas aún no la incluyen de manera sistemática. Esto genera una brecha en habilidades que limita la capacidad de los profesionales de abordar retos en investigación biomédica, secuenciación genómica y biología de sistemas.

Iniciativas como RSG-México, The Carpentries, R-Ladies y los VieRnes de Bioinformática del LIIGH-UNAM han respondido a esta necesidad, promoviendo actividades inclusivas y colaborativas, que permiten a personas de diversas formaciones acceder al aprendizaje de herramientas computacionales y de programación. Esta estructura inclusiva no solo impulsa el conocimiento, sino que también genera redes de apoyo y colaboración, fomentando el crecimiento profesional y personal de los participantes.

La colaboración con organizaciones y plataformas internacionales fortalece estas comunidades, aportando recursos financieros y tecnológicos, proporcionando acceso a infraestructura computacional, servidores y espacios en la nube, que reducen barreras para la participación, tales como Catalyst (de la Fundación Chan Zuckerberg), Huawei, y Amazon Web Services (AWS). Sin embargo, el reto sigue siendo ampliar y sostener estas iniciativas, asegurando financiamiento y el apoyo institucional para expandir su alcance a más países y áreas rurales. De esta forma, la bioinformática en México y América Latina no solo beneficia a la comunidad científica local, sino que también contribuye al avance del conocimiento global en áreas como genética, medicina personalizada y ecología. De esta manera, México se está posicionando como un actor clave en la promoción y enseñanza de la bioinformática en el mundo hispanoparlante.

Gracias a estos esfuerzos, estudiantes y profesionales de diversas áreas están encontrando en la bioinformática una herramienta poderosa para potenciar sus investigaciones, acceder a nuevas oportunidades laborales y colaborar en proyectos internacionales. Las iniciativas comunitarias mexicanas contribuyen al desarrollo de la bioinformática en Latinoamérica, mientras se nutren de la colaboración con comunidades internacionales.

Si estás interesado en la ciencia computacional y te apasiona entender los misterios de la vida a través de datos, no te pierdas los VieRnes de Bioinformática en el LIIGH-UNAM. Puedes encontrar más información visitando la página web https://viernesbioinformatica.github.io/ o poniéndote en contacto con la Dra. Evelia Coss ([ecoss@liigh.unam.mx](mailto:ecoss@liigh.unam.mx)).

Referencias

National Human Genome Research Institute. “Bioinformatics.” National Human Genome Research Institute, U.S. Department of Health and Human Services,[ ](https://www.genome.gov/genetics-glossary/Bioinformatics)[genome.gov](https://www.genome.gov/genetics-glossary/Bioinformatics).

Literaturas recomendadas

1. Stroe, O. (2022). Building bioinformatics capacity in Latin America. EMBLetc. Issue 99, 16 November. El proyecto CABANA busca fortalecer la capacidad de bioinformática en América Latina para gestionar, analizar y compartir grandes volúmenes de datos biológicos. En un contexto donde la biología se vuelve cada vez más dependiente de los datos, CABANA capacita a bioinformáticos para aprovechar los recursos públicos de datos, impulsando investigaciones en áreas como la medicina personalizada, la mejora de cultivos y la conservación de biodiversidad. Este esfuerzo es clave para el desarrollo de nuevas tecnologías y la innovación científica en la región. https://www.embl.org/news/embletc/issue-99/building-bioinformatics-capacity-in-latin-america/
2. Jara, A. (2021). El poder de la bioinformática. ¿Cómo Ves? Divulgación UNAM. Número 272, julio. https://www.comoves.unam.mx/numeros/articulo/272/el-poder-de-la-bioinformatica
3. Jimeno, A. (2024). [El poder de la información: así desentraña la bioinformática los secretos de la vida](https://theconversation.com/el-poder-de-la-informacion-asi-desentrana-la-bioinformatica-los-secretos-de-la-vida-225933). The Conversation. May 6. https://theconversation.com/el-poder-de-la-informacion-asi-desentrana-la-bioinformatica-los-secretos-de-la-vida-225933
4. #### Melchor, D. (2024). Bioinformática: el análisis de datos al servicio de la biología. TecScience. abril 22. https://tecscience.tec.mx/es/biotecnologia/bioinformatica/
5. Blancarte, A. (2014). Bioinformática y biocomputación ciencias que bordean la ficción TODOS@CICESE. https://todos.cicese.mx/sitio/noticia.php?n=408

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